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La segunda parte de Robotech empieza unos 15 años despu�s del fin de la Primera Guerra Robotech. Al haber fallado los Zentraedi en la mision de recuperar el SDF-1, los Maestros de la Robotecnia deciden partir a la Tierra y recuperar la nave ellos mismos.
La importancia del SDF-1 o "La fortaleza de Zor" como los Maestros la llaman, es la Matriz de la Protocultura que contiene en su interior, la cual permite generar la enigm�tica energ�a que ellos necesitan para sus naves, sus mechas y su sociedad de clones. Con la Matriz, reconstruir�n su Imperio Robotech, aplastar�n a los Invid y no habr� en la Galaxia un enemigo que pueda enfrent�rseles.
La urgencia por recuperar la Matriz antes de la llegada de los Invid es tal que est�n dispuestos a destruir a toda la humanidad si esta se pone en su camino...